Samanlagður afli skipa Samherja hf. á nýliðnu ári nam ríflega 152 þúsund tonnum. Afli fjölveiði- og uppsjávarskipa nam samtals um 128.000 tonnum og afli bolfiskskipa félagsins var samanlagður um 24.000 tonn. Heildarverðmæti þessa afla nam 5,4 milljörðum króna. Til samanburðar var heildarafli skipa Samherja hf. á árinu 2002 um 157.000 tonn og aflaverðmætið nálægt 6,6 milljörðum. Helstu ástæður minna aflaverðmætis er annars vegar lægra afurðaverð í erlendri mynt og hins vegar hækkun á gengi íslensku krónunnar.
Þorskafli bolfiskskipa Samherja hf. á heimamiðum nam alls um 9.500 tonnum. Af þessum þorskafla var ríflega 7.500 tonnum landað ferskum til vinnslu í starfsstöðvum félagsins á Dalvík og Stöðvarfirði. Frá septemberbyrjun hafa Akureyrin EA og Björgvin EA verið gerð út á blandaðar veiðar. Stærstur hluti aflans er þá fluttur ferskur í land en hluti aflans frystur um borð.
Síldarafli skipa félagsins nam samtals 12.500 tonnum og var stærstur hluti hans unninn um borð í fjölveiðiskipum Samherja, Vilhelm Þorsteinssyni EA og Þorsteini EA, eða rúm 10.000 tonn. Loðnuafli var samtals um 70 þúsund tonn.
Skip félagsins veiddu samtals rúm 8 þúsund tonn af úthafskarfa. Þá voru veidd um 22.000 tonn af norsk-íslenskri síld, 16.000 tonn af kolmunna og tvö þúsund tonn af norður-íshafsþorski.